Zgodnie ze swoją misją Grupa Kapitałowa LOTOS przywiązuje dużą wagę do stanu środowiska jako całości, ze szczególnym uwzględnieniem wpływu swojej działalności na zmiany zachodzące w środowisku oraz podejmuje różnego rodzaju działania zapobiegawcze i rekompensujące ten wpływ. Polityka taka stosowana jest we wszystkich spółkach grupy kapitałowej.

Jedynym zakładem produkcyjnym, będącym w posiadaniu Grupy LOTOS jest rafineria położona w północnej Polsce, na granicy gmin Gdańsk i Pruszcz Gdański. Zajmuje ona powierzchnię 2,35 km², a teren, na którym leży objęty jest obowiązującym planem zagospodarowania przestrzennego i został oznaczony, jako obszar zabudowy produkcyjno-usługowej, baz i składów. Na tym terenie, oprócz rafinerii, znajdują się także magazyny i budynki biurowe, a swoją działalność prowadzą niektóre spółki wchodzące w skład grupy kapitałowej, m.in. LOTOS Asfalt, LOTOS Oil, LOTOS Paliwa, LOTOS Lab, LOTOS Straż, LOTOS Ochrona i LOTOS Serwis.

Obszar będący we własności Grupy LOTOS nie ma żadnych istotnych walorów przyrodniczych. Nie podlega on też żadnej, krajowej ani unijnej formie ochrony przyrody. Jednakże, w sąsiedztwie rafinerii zlokalizowane są tereny, które są różnymi formami takiej ochrony objęte. 

Rezerwaty przyrody

• Ptasi Raj na Wyspie Sobieszewskiej: obszar 200 ha, 2,5 km od zakładu;
• Mewia Łacha w obrębie ujścia Wisły: obszar 150 ha, 13 km od zakładu. 

Parki krajobrazowe:

• Trójmiejski Park Krajobrazowy okalający Gdańsk, Sopot i Gdynię od wschodu: obszar 19.930 ha, 15 km od zakładu;  
• Nadmorski Park Krajobrazowy od Białogóry po swojej zachodniej stronie, po Hel na wschodzie, włączając w to Zatokę Pucką z jej zachodnim brzegiem: obszar 18.804 ha, 43 km od zakładu;
• Park Krajobrazowy Mierzeja Wiślana leżący na wschód od rafinerii od Sztutowa po granicę z Rosją w Piaskach: obszar 4.410 ha, 35 km od zakładu. 

Obszary Natura 2000

• Ujście Wisły (PLB220004, kontynentalny), 
• Zatoka Pucka (PLB220005, kontynentalny), 
• Twierdza Wisłoujście (PLH220030, kontynentalny),
• Ostoja w Ujściu Wisły (PLH220044, kontynentalny).

Obszary Natura 2000 pokrywają się z rezerwatami przyrody i parkami krajobrazowymi.

Spółki grupy kapitałowej prowadzące działalność na południu Polski, tj. LOTOS Czechowice, LOTOS Jasło, LOTOS Biopaliwa, RCEkoenergia nie posiadają, nie dzierżawią ani też nie zarządzają gruntami będącymi w bezpośrednim sąsiedztwie rezerwatów przyrody, parków krajobrazowych, obszarów Natura 2000 czy też innych terenów o dużej wartości ze względu na bioróżnorodność. W pobliżu LOTOS Czechowice, LOTOS Biopaliwa i RCEkonergia znajdują się:

• rezerwat przyrody Rotuz w odległości ok. 6 km od granicy zakładu w kierunku zachodnim. Zajmuje obszar 28,21 ha.  
• obszar ochrony uzdrowiskowej Goczałkowice Zdrój w odległości ok. 4 km od granicy zakładu.  

Kwestie związane z ewentualnym wpływem lokalizacji na bioróżnorodność są także analizowane w przypadku trzech podmiotów Grupy Kapitałowej Petrobaltic, prowadzących działalność wydobywczą. Koncesje LOTOS Petrobaltic na Morzu Bałtyckim nie znajdują się na obszarach chronionych. Bioróżnorodność na obszarach, na których prowadzona jest działalność wydobywcza tej spółki, jest bardzo mała, w związku z czym oddziaływanie prac na zlokalizowanych w polskiej strefie ekonomicznej akwenach jest znikome. Podobnie w przypadku LOTOS Geonafta koncesje i tereny zarządzane przez spółkę nie znajdują się na obszarach chronionych. Zgodnie z prawem obowiązującym na Litwie, na terenach chronionych lub o dużej bioróżnorodności mogą być wykonywane tylko prace związane z poszukiwaniami (prace sejsmiczne), nie mogą zaś być wykonywane prace wydobywcze. Również należące do LOTOS Norge koncesje i tereny, na których prowadzono działalność w 2012 r. na Norweskim Szelfie Kontynentalnym nie znajdują się i nie są w pobliżu obszarów chronionych ani o dużej wartości pod względem bioróżnorodności.

Kolejna spółka Grupy Kapitałowej Petrobaltic, tj. Energobaltic zlokalizowana jest w północnej części Władysławowa na terenie przemysłowo-portowym. Jest to teren o powierzchni 24 tys. m², stanowiący własność Skarbu Państwa, oddany spółce w wieczyste użytkowanie. Miejsce to znajduje się u nasady Półwyspu Helskiego w otulinie Nadmorskiego Parku Krajobrazowego oraz w bezpośrednim sąsiedztwie obszarów Natura 2000. Zgodnie z planem zagospodarowania przestrzennego pobliski teren wzdłuż drogi wojewódzkiej 216 przeznaczony jest na rzemiosło uciążliwe. Za drogą wojewódzką rozciągają się łąki, graniczące z Zatoką Pucką - jest to obszar Rezerwatu Słone Łąki. 

LOTOS Asfalt, w oparciu o prawo wieczystego użytkowania lub dzierżawy od innych podmiotów gospodarczych, dysponuje obszarami terenów przemysłowych w Gdańsku, w Jaśle i Czechowicach-Dziedzicach. Wymienione tereny leżą wewnątrz terenów należących do Grupy LOTOS, LOTOS Jasło i LOTOS Czechowice. Tereny LOTOS Asfalt oraz ich bezpośrednie otoczenie nie są objęte żadną formą ochrony przyrody, nie zidentyfikowano również żadnych obiektów i obszarów podlegających ochronie w ich pobliżu.

W LOTOS Paliwa w procesie przygotowania nowych obiektów do eksploatacji w sieci stacji LOTOS dokonano weryfikacji dokumentacji z zakresu ochrony środowiska. Na każdej nowo budowanej stacji wykonywana jest ocena oddziaływania na środowisko, w ramach której określane jest m.in. położenie obiektu względem obszarów chronionych lub obszarów o dużej wartości pod względem bioróżnorodności oraz analiza ryzyka związanego z ewentualnym oddziaływaniem stacji na środowisko. Na podstawie analizowanej dokumentacji oraz przeprowadzanych wizji lokalnych stwierdzono, że włączone do sieci LOTOS obiekty są zlokalizowane głównie na terenie miast i leżą poza obszarami podlegającymi ochronie.

Dla zlokalizowanej w Gdańsku spółki LOTOS Kolej, na etapie inwestycyjnym, opracowano raport oddziaływania na środowisko, w którym zbadano potencjalne oddziaływanie planowanego obiektu na sąsiednie tereny, ze szczególnym uwzględnieniem obszarów chronionych i terenów o wysokim poziomie bioróżnorodności. Nie stwierdzono w pobliżu prowadzonej działalności terenów chronionych bądź terenów o dużym zróżnicowaniu biologicznym.

Prawo krajowe i unijne skonstruowane jest tak, aby ograniczenia nałożone na zakłady produkcyjne gwarantowały możliwie najniższy wpływ ich działalności na bioróżnorodność na najbliższych obszarach, przy jednoczesnym niepowodowaniu wynikających z tych ograniczeń nieracjonalnych kosztów. Rafineria Grupy LOTOS oraz wszystkie spółki Grupy Kapitałowej LOTOS, w zależności od profilu swojej działalności produkcyjnej, spełniają wszystkie warunki określone w pozwoleniach zintegrowanych bądź pozwoleniach sektorowych. Dotrzymywanie standardów określonych w pozwoleniach dotyczy głównie monitorowania i raportowania stanu powietrza wokół zakładu, emisji ścieków, gazów i hałasu oraz gospodarowania odpadami. Dotrzymywanie tych warunków gwarantuje, że opisane, sąsiadujące z zakładami obszary chronione nie będą pod ich negatywnym wpływem.

Podobnie jak w przypadku warunków prowadzenia działalności, prawo reguluje również parametry, jakie powinny spełniać produkty rafineryjne, zanim zostaną wprowadzone na rynek. Gwarantuje to, że ich prawidłowe użytkowanie nie będzie powodowało nadmiernego, negatywnego oddziaływania na środowisko i bioróżnorodność.

Grupa Kapitałowa LOTOS nie prowadzi też żadnych procesów rozbudowy, które powodowałyby niszczenie siedlisk lub w jakikolwiek inny sposób negatywnie wpływały na siedliska położone w sąsiedztwie przeprowadzanych inwestycji. Pewność tę gwarantuje włączanie kwestii bioróżnorodności do każdej przygotowywanej przed rozpoczęciem inwestycji specjalistycznej oceny oddziaływania na środowisko.

Można mówić także o pozytywnym wpływie firmy na jakość życia mieszkańców w okolicy zakładów. Przykładem jest działalność spółki Energobaltic. Instalacje jej elektrociepłowni w znacznym stopniu ograniczyły emisje spalin z lokalnych kotłowni węglowych, a zastosowane technologie niskoodpadowe pozwoliły na uniknięcie odpadów paleniskowych, takich jak żużel i pyły. Wyniki stałego monitoringu wód podziemnych świadczą o stabilności ich składu i nieodbieganiu od norm. Jest to szczególnie ważne ze względu na znajdujący się w pobliżu rezerwat przyrody oraz bezpośrednie sąsiedztwo plaży i morza, a także terenów Natura 2000 i Nadmorskiego Parku Krajobrazowego.